Pirmoji Butkiškės bažnyčia pastatyta 1506 m., buvo Ariogalos parapijos filija. Kada pastatyta dabartinė medinė bažnyčia, tiksliai nėra žinoma (kraštotyrininkų nuomone, tai galėtų būti XVIII – XIX a.). Bažnyčia liaudies architektūros formų, stačiakampio plano, bebokštė. Bažnyčios šventorių juosia neaukšta akmeninė tvora. Šalia bažnyčios pastatyta dviejų tarpsnių varpinė. 1962–1966 m. Butkiškės klebonu buvo Tėvas Stanislovas (A. M. Dobrovolskis).