1764 m. Stanevičių giminės fundacija pastatyta nauja mūrinė bažnyčia, turinti vėlyvojo baroko bruožų, stačiakampio plano su masyviu kvadratinio plano trijų tarpsnių bokštu. Antrojo pasaulinio karo metais bažnyčia smarkiai nuniokota. 1949 m. į Lyduvėnus buvo paskirtas kunigas Julijonas Kazlauskas, kuris daug prisidėjo prie bažnyčios sutvarkymo. Bažnyčios didysis altorius lyg aliuzija į Šv. Petro bazilikos vaizdą Vatikane.